Michael veut traquer Gretchen, il a obtenu une clé pour entrer dans l'appartement de celle-ci afin de récolter les plus brèves informations concernant le cartel et de retourner enfin au Etat-Unis pour y voir plus clair et se venger de Gretchen. En arrivant là-bas, cette dernière avoue n'avoir jamais abattu Sara, entre-temps Michael contacte Lincoln pour lui demander l'exactitude sur ce qu'il a vu dans cette boîte dans un parking ; il persiste sur sa version des faits. Gretchen et Whistler sont en mission pour retrouver dans un lieu précis "Scylla" une grande carte mémoire qui rassemble toutes les missions impératives du Cartel en jouant à un jeu de marché trompeur. A ce moment, une série d'intrigues brèves illustrent chaque personne et leur situation actuelle. Bellick, Sucre et T-Bag ont pu s'échapper de Sona grâce à un évènement imprévu dans le pénitentier. Bellick et Sucre rejoignent ensemble les Etats-Unis rapidement, tandis que T-Bag est toujours en route solitaire ou il sera victime de criminels. Entre-temps c'est une série d'arrestations qui se jouent pour chacun d'eux ; ils finissent tous dans les administrations de la CIA ou un grand marché se jouera pour vaincre le cartel, mais seul T-Bag qui n'est pas dans le lot possède sur lui un livre très précieux sur les oiseaux !
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